1958年成立的儿科学教研室是儿科医学系前身，于1986年获得硕士学位授予权。经历了半个多世纪的建设和发展，培养了大批医疗及科研人员，遍布海内外，且在医学科研和临床医疗工作均取得了丰硕的成果。现有硕士生导师5名，博士生导师2名。2005年被评为江苏省省级临床重点专科，并以优异成绩通过每年年度审核。于2006年被评为江苏省巾帼示范岗至今。
儿科医学系主任乔立兴教授现任：国家儿童医学中心长三角呼吸联盟委员，江苏省新生儿质量控制中心委员、中华医学会江苏儿科分会委员、中国医师协会江苏儿科医师分会委员、中国医师协会江苏围产医学专委会委员、江苏省新生儿危急重症救治联盟副理事长、江苏省研究型医院学会罕见病专业委员会副主任委员、江苏省研究型医院学会罕见病专业委员会党建工作领导小组组长。擅长儿童呼吸系统疾病、新生儿疾病等问题的临床诊治工作。主持各级科研项目多项，涵盖国家级、省级、市级重点课题，研究方向聚焦儿科临床关键问题，以第一作者或通讯作者身份发表学术论著30余篇，其中SCI收录论文20余篇，中文核心期刊论文10余篇。
儿科医学系目前采用统编教材，坚持开设儿科医学本科必修课程及硕士研究生学位课程。目前已培养硕士研究生60余名，为省内外培养和输送了一批高素质的人才。
为促进儿科医学学科进一步发展，加强国际交流，学科负责人乔立兴教授曾作为访问学者赴德国Ulm大学访问，与该校建立了稳定的临床和科研合作关系，为儿科医学的人才培养提供了可靠的国际平台。
儿科医学科长期重视基础和临床研究工作，先后承担国家973项目、江苏省社会发展基金、江苏省自然科学基金、南京市医学科技发展项目、中华医学会临床医学科研专项资金等资助的多项临床和基础研究课题。江苏省卫生厅课题“氧疗在早产儿视网膜病变发病机制中的作用研究”已经完成并结题，已发表相关论文5篇，参加相关学术会议论文7篇。国家973项目国家科学技术部2007CB936104 “生物可降解纳米缓释复合支架的基础研究”、国家重点实验室开放项目“3-硝基丙酸脑内注射诱导早产鼠脑室周围白质软化脑内氨基酸递质动态变化-活体微透析研究”、南京市医学科技发展项目“新生脑缺氧缺血后海马神经干细胞再生研究”、横向课题825-09HX18“中药五龙水抑菌效果和药效学的基础与应用研究”、江苏省医药管理局科技项目“LB09073生脉对早产儿脑损伤神经保护的基础与临床应用研究”、中国北科生物科技有限公司横向课题“脐带间充质干细胞治疗足月新生鼠缺氧缺血脑损伤的干预及神经保护作用”等课题均进展顺利。
（2026年3月更新）